在最新2020中国大学排名1200强中，南京大学、三江学院和东南大学成贤学院分别赢得2020南京市最好大学、民办大学和独立学院排名第一。
| 名次 | 学校名称 | 全国排名 | 星级排名 |
| 1 | 南京大学 | 5 | 8★ |
| 2 | 东南大学 | 17 | 7★ |
| 3 | 河海大学 | 37 | 6★ |
| 4 | 南京农业大学 | 38 | 5★ |
| 5 | 南京理工大学 | 43 | 5★ |
| 6 | 南京航空航天大学 | 50 | 5★ |
| 7 | 南京师范大学 | 62 | 5★ |
| 8 | 南京工业大学 | 94 | 4★ |
| 9 | 南京林业大学 | 125 | 4★ |
| 10 | 中国药科大学 | 130 | 5★ |
| 10 | 南京医科大学 | 130 | 4★ |
| 12 | 南京邮电大学 | 132 | 4★ |
| 13 | 南京中医药大学 | 155 | 4★ |
| 14 | 南京信息工程大学 | 165 | 4★ |
| 15 | 南京艺术学院 | 250 | 4★ |
| 16 | 南京财经大学 | 262 | 3★ |
| 17 | 南京审计大学 | 307 | 3★ |
| 18 | 南京工程学院 | 394 | 2★ |
| 19 | 江苏警官学院 | 400 | 3★ |
| 20 | 南京体育学院 | 465 | 3★ |
| 21 | 南京晓庄学院 | 483 | 1★ |
| 22 | 金陵科技学院 | 492 | 1★ |
| 23 | 南京森林警察学院 | 540 | 3★ |
| 24 | 江苏第二师范学院 | 564 | 1★ |
| 25 | 南京特殊教育师范学院 | 621 | 1★ |
| 陆军工程大学 | 5★ |
| 名次 | 学校名称 | 全国排名 | 星级排名 |
| 1 | 三江学院 | 62 | 4★ |
| 名次 | 学校名称 | 全国排名 | 星级排名 |
| 1 | 东南大学成贤学院 | 11 | 6★ |
| 2 | 南京大学金陵学院 | 16 | 6★ |
| 3 | 南京航空航天大学金城学院 | 27 | 4★ |
| 4 | 中国传媒大学南广学院 | 34 | 5★ |
| 5 | 南京理工大学紫金学院 | 103 | 3★ |
| 6 | 南京信息工程大学滨江学院 | 107 | 3★ |
| 7 | 南京工业大学浦江学院 | 131 | 2★ |
| 8 | 南京师范大学中北学院 | 169 | 1★ |
| 9 | 南京审计大学金审学院 | 198 | 1★ |
南京大学，简称南大，是中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，位列世界一流大学建设高校（A类）、211工程、985工程。
东南大学，简称“东大”，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批双一流（A类）、211工程、985工程重点建设高校。
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