南京农业大学是教育部直属的211全国重点大学，比较好的专业包括生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理，这几个专业都是国家级特色专业。
南京农业大学最强的学科是作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理，这几个学科在2017年第四轮学科评估得分A+，属于全国第一的水平。其他比较强的学科有公共管理（得分A）、食品科学与工程、园艺学（得分A-）。
南京农业大学经济管理学院设有农林经济管理、国际经济与贸易、电子商务、市场营销、工商管理5个本科专业和1个金善宝实验班。学院现有农业经济管理国家重点学科，农林经济管理一级博士学位授权点，工商管理、应用经济学一级硕士学位授权点，企业管理学、会计学、金融学、产业经济学、国际贸易、技术经济及管理、农业经济管理7个硕士学科点，以及工商管理、国际商务、金融、会计、物流工程、农业推广6个专业学位硕士培养点。
南京农业大学经济管理学院的前身是金陵大学农经系和南京大学农经系，1952年合并组成南京农学院农经系，1989年3月由农业部批准成立南京农业大学农业经济与贸易学院，1994年4月改名为南京农业大学经济与贸易学院，2004年9月再次更名为经济管理学院。从金陵大学1920年开设农业经济本科专业计算，本院至今已有80多年历史。
南京农业大学王牌专业有食品科学、作物学、蔬菜学。根据查询南京农业大学官网显示，食品科学专业是国家重点(培育)学科。一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学；二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理。
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