南京二本大学有：南京工程学院、南京晓庄学院、南京传媒学院等。
1、南京工程学院
南京工程学院，位于江苏省南京市，是经教育部批准成立的一所以工学为主，工学、经济学、管理学、文学、理学、法学等学科协调发展的多科性普通本科大学。南京工程学院历史始于1915年，从姑苏爱河桥边到沪上吴淞江畔，再到金陵石头城下，学校历尽沧桑却又风采依旧。
2、南京晓庄学院
南京晓庄学院，位于江苏省南京市，是由江苏省和南京市共建、南京市属全日制公办本科院校，2017年成为江苏省省级硕士立项建设单位。学校有方山、莫愁和晓庄（行知园）三个校区，校园总面积近1500亩；设有15个专业学院，47个本科招生专业；共有教职工1400余人。
3、南京传媒学院
南京传媒学院，简称“南传”，位于江苏省南京市，是经教育部批准设立的全日制民办普通本科高等学校，为江苏省唯一一所传媒类应用型本科高校。学校占地面积1058亩，总占地面积110.61万平方米，总建筑面积33.77万平方米，教学、科研仪器设备资产总值7363.22万元。
南京共有35所本科大学，名单分别为南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京邮电大学、南京工业大学、河海大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京农业大学等，具体完整本科大学名单见下表。
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