土木工程学院专业有：土木工程、水利水电工程、给排水科学与工程、工程管理、交通工程、交通运输、港口航道与海岸工程
环境与资源学院专业有：环境工程、安全工程、地质工程、人文地理与城乡规划、资源循环科学与工程
生物科学与工程学院专业有：生物工程、生物技术、食品科学与工程
化学学院专业有：化学、制药工程
石油化工学院专业有：化学工程与工艺过程、装备与控制工程、油气储运工程
截至2018年6月，学校有国家重点学科1个（物理化学）、国家重点（培育）学科1个（结构工程）、省级优势学科创新平台5个、省级特色重点学科6个、省级重点学科26个，化学、工程学和材料科学3个学科进入国际ESI学科排名前1%。
福州大学硕士研究生的专业有应用经济学、数学、机械工程、材料科学与工程、电气工程、信息与通信工程等等。
福州大学于2005年开始筹建研究生院。目前，该校共有研究生8400余人，是福建省唯一的国家专业学位研究生教育综合改革试点大学和国家工程创新大学研究生教育。
2012年12月，福州大学研究生院正式成立，将为推进福州大学东南创业大学建设，在更高起点上推进学位和研究生教育搭建更广阔的平台。
学校现有全日制在校生近3万人，其中博士研究生近5000人，各类专业研究生2000多人。建校以来，为国家培养全日制硕士、本科毕业生10万余人。
这所大学是经中华人民共和国教育部批准招收外国和地区的港澳台地区本科生和研究生的大学。学校拥有2个国家级人才培养基地，3个国家级实验教学示范中心，320多个省内外校外实践教学基地。
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