牡丹江的大学共有7所，名单分别为牡丹江医学院、牡丹江师范学院、牡丹江大学、黑龙江林业职业技术学院、黑龙江农业经济职业学院、黑龙江商业职业学院、黑龙江幼儿师范高等专科学校。
牡丹江流域斜跨敦化市33个乡镇，（其中有6个整乡镇，8个乡的部分村）流域内西南高而东北低，落差大，地势复杂。从发源地至敦化镇为山地段，河流弯曲，两岸多为农田，江岸2-3米高，枯水期水面宽度50米以下，水深0.5米左右。
从敦化镇至黑石乡，这一段有支流沙河、黄泥河汇入，两岸多为不高的起伏山地，树木较少，多为农田，枯水期的水面宽度为100米左右，由黑石乡至黑龙江省的镜泊湖段内有支流珠尔多河、官地河、都陵河汇入，两岸陡壁峭立，岸柳茂密，山间沼泽夹有大块玄武岩，枯水期水面宽度为130米，水深1.20米，可通行小型汽船。
牡丹江截止目前一共有七所大学。两所本科院校、五所专科院校
本科院校有：
1、牡丹江医学院（公办）2、牡丹江师范学院（公办 ）
专科院校有：
1、牡丹江大学（公办） 2、黑龙江林业职业技术学院（公办）
3、黑龙江农业经济职业学院（公办） 4、黑龙江商业职业学院（公办）
5、黑龙江幼儿师范高等专科学校（公办）
两所本科院校学校规模比较大、成立时间较久、含金量高，师资实力较雄厚；而牡丹江大学在专科院校里是一所综合类全日制的高等专科学校，自成立以来已经培养了数十万计高素质人才。
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