截止2011.3月，研究院拥有硕士和博士学位授予权的学科为：
高等教育学：主要研究方向有高等教育学原理；大学制度的演进与创新；教育与人力资源开发；大学生的心理健康与教育；中外大学比较研究；大学课程与教学；大学文化研究。
教育经济与管理：主要研究方向有公共政策；政府管理与创新；国际经济政治与国际组织；公民社会与治理；教育经济与管理。
研究院拥有硕士学位授予权的学科为：
教育技术学：主要研究方向有数字校园理论、规划与设计；E-Learning理论与实践；远程教育的理论与实践；教育软件的研究、设计、开发、应用与评价。 从2010年起，研究院开始授予教育专业博士（Ed.D）学位。
清华大学深圳国际研究生院目前有4个硕士学位项目和1个博士学位项目招收在职研究生，分别是：清华大学高级财务管理与大数据硕士项目、清华大学医院管理硕士项目、清华大学 - 香港中文大学金融财务MBA项目、清华科技创新MBA项目和清华大学创新领军工程博士粤港澳大湾区项目。
高级财务管理与大数据硕士项目旨在适应大数据时代给财务人员带来的机遇与挑战，与资本市场学院合作，注重实践性，全面培养具有数据思维的高级财务管理人才，服务粤港澳大湾区的可持续发展。
医院管理硕士项目隶属于我国首家专业从事医院管理研究和现代医院管理人才培养的交叉学科机构——清华大学医院管理研究院。汇集海内外医院管理领域优质办学资源，凝聚清华大学众多专业学院和一级学科院系力量。
清华大学经济管理学院和香港中文大学商学院的金融财务MBA项目自2000年创办以来，已培育出两千余位掌握金融财务理论及管理专长并具有金融实践的毕业生。
清华科技创新MBA项目由清华大学经济管理学院与清华大学深圳国际研究生院联合培养，基于经管学院30余年开办MBA教育的先进经验，依托清华大学一流的师资团队和强大的行业专家资源，采用管理理论体系学习和专业实践紧密结合的培养模式，旨在培养具有数字金融理念，科技素养和创新精神的未来领导者。
创新领军工程博士粤港澳大湾区项目面向服务于粤港澳大湾区及周边地区的国家重点行业、创新型企业，培养高端创新领军人才，服务粤港澳大湾区创新驱动发展战略。招生的专业学位类别包括电子信息、机械、材料与化工、资源与环境、能源动力、土木水利和生物与医药。
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