1945年，顾建中与杨桂宫、胡维箐三人合力要求筹办物理系，并联络周孝谦，聘请中国晶体物理学家钟盛标先生任系主任，创办了云南大学物理系，他主动担任普通物理教研室主任。当时云南大学师资单薄，设备简陋，为了筹备普通物理实验室，他和同事一起上街去买废、旧电器，修好后再用来做实验。虽然设备较差，但至少能实现实验所需的原理和方法。由于他成绩突出，1947年被晋升为副教授，并在教授会中任总干事。1949年顾建中协助彭桓武研究量子力学和原子核物理，并两人合作写成论文《相对性氢原子波函数的重整化》，1951年被晋升为教授。
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