2000年10月21日，首届飞利浦中国大学生足球联赛在北京理工大学拉开序幕，在首场比赛中北京理工大学以3比0击败了中国人民大学 。
2007年至2009年，大学生联赛的冠亚军曾获得参加中国足球协会业余联赛总决赛的资格 ；
2012至2013年，大学生联赛的冠亚军还曾获得中国足协杯赛正赛的参赛资格 ；总决赛（超级）冠军同时成为世界大学生运动会中国大学生男子足球队的主力阵容，辅以大足赛超级组的一些出色球员，组建中国大学生足球队 。
2012-2013赛季，联赛首次实行超级组和校园组分组的模式，凡属按照普通高等学校招收高水平运动员办法录取的学生，以及体育院校、师范类院校的体育专业学生均不得参加校园组的比赛，只能参加超级组的比赛。这一分组模式是一项重大赛制创新，有利于避免参赛高校之间实力过于悬殊，体现联赛的公平公正 。在2014-2015赛季，大足赛在“超级组”和“校园组”的基础上又增设了“高职组”。
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