你的确可以考本专业(企业管理)或其它经管类专业。
至于进民航行业,虽然民航类高校会有行业背景,招聘时民航单位也会有一定偏向,但也并不是说其他高校就不能进。何况,本科已经有民航高校的经历,研究生读一个经管类名校会对你更有帮助。
如果能报考中国人民大学、中央财经大学等的经管类,可不必有那么多疑虑。至于与财经类大学的学生是否有差距,更是考虑更多了。很多跨考经管类的考生,可能本科专业和经管类不沾边。