东南大学最牛的专业是生物医学工程，专业评级为A+级，专业排名是第1名。
生物医学工程，大类学科基础课有电路基础、计算机结构与逻辑设计、化学基础、信号与系统、分子与细胞、人体解剖与生理学。专业主干课有电子电路基础、电磁场与波、生物分析与传感、数字信号处理、生物系统建模与分析。主要实践环节有计算机综合课程设计、物理实验、化学基础实验、电路实验、数字逻辑设计实验、模拟电子电路实验、实验安全、认识实习、科研认知等。
东南大学现有34个院系、87个本科专业，有39个博士学位一级学科授权点，50个硕士学位一级学科授权点。有全日制在校生38419人，其中本科生16785人，研究生21634人；在校留学生1994人，其中学历留学生1689人。
国家特色专业
电子科学与技术、软件工程、建筑学、土木工程、交通工程、信息工程、自动化、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、生物医学工程、机械工程、工程管理、数学与应用数学、测控技术与仪器、能源与动力工程、道路桥梁与渡河工程、材料科学与工程、医学影像学
专业排名在全国前列的有学科艺术学理论、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程5个A+专业，基本都是工科类专业。
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