当然不一样。南通大学是南通大学杏林学院的主办院校。学校是江苏省人民政府和国家交通运输部共建的综合性大学，江苏省十五所重点建设大学成员，教育部“卓越医生教育培养计划”、“卓越教师培养计划”试点高校。毕业颁发的是南通大学的毕业证和学位证。
而南通大学杏林学院是经国家教育部批准设置的独立学院，以南通大学钟秀校区和启东校区作为办学校园，依托南通大学实力雄厚的师资队伍，共享母体优质的教育教学资源。颁发的是南通大学杏林学院的毕业证和学位证。
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