云南排名第一的是云南大学，这所大学是全省唯一一所211大学，也是双一流高校，在全国排名84名，民族学学科非常强，学科评估为A+，生态学、政治学、生物学这几门学科也很不错。
五十年代院系调整，部属云南大学一些重要而有特色的系科，如航空、土木、法律、铁道等划出并入当时的北京航空学院、四川大学、西南政法学院、长沙铁道学院等高校；工、医、农等先后独立建校，并逐步发展为今天的昆明理工大学、昆明医科大学、云南农业大学、西南林业大学等高校。1958年，云南大学由中央高教部划归云南省管理。1978年，云南大学被国务院确定为全国88所重点大学之一。
改革开放后，云南大学获得了长足的进步。1996年首批列入国家“211工程”重点建设大学，2001年列入西部大开发重点建设院校，2004年成为教育部和云南省人民政府重点共建高校，2006年本科教学工作水平评估共19项二级指标全部评定为A，被教育部评为本科教学优秀学校，2012年成为国家“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”实施院校，2017年成为国家首批42所“一流大学”建设高校之一，2018年跻身中西部14所“以部为主、部省合建”高校行列，2022年，继续入选第二轮国家“双一流”建设高校。
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