南京邮电大学更好。
1、学科对比
南京邮电大学，是工业与信息化部、国家邮政局与江苏省共建的以电子信息为特色的综合性重点大学，国家特色专业包含7个，分别是通信工程、电子信息工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、信息安全、自动化、工商管理，高校学科评估。
南京邮电大学拥有三个B+学科，分别是信息与通信工程、光学工程、电子科学与技术，B学科有软件工程，B-学科计算机科学与技术。
南京信息工程大学，由江苏省人民政府、中华人民共和国教育部、中国气象局、国家海洋局共建，是一所以大气科学为特色，海洋、信息、环境、管理等多学科协调发展的全国重点大学。
有5个国家级特色专业，分别是大气科学、应用气象学、环境科学、电子信息工程、计算机科学与技术。大气科学是入围A类排名全国第一的王牌专业,信息通信与工程、管理科学与工程两个专业也具备一定的实力。
2、录取分数线对比
以江苏省份的理科录取分数线为例，2014年至2016年南京邮电大学本科一批的录取平均分数线分别是355、355、368；
2014年、2015年、2017年南京信息工程大学的录取平均分数线分别是353、352、345。
从理科录取的平均分数线上看，南京邮电大学高于南京信息工程大学。南京邮电大学、南京信息工程大学皆属于理工类的院校，工科类专业综合实力，因此，在理工类的专业分数实际对比上，南京邮电大学高于南京信息工程大学。
3、院校排名对比
从2017到2018年江苏省大学综合实力排行榜可以看出，南京邮电大学的综合排名处于全国的118名，南京信息工程大学的综合排名处于159名，在学校的全国排名比较中，南京邮电大学的排名是第一位。
官网—南京邮电大学
百度百科—南京信息工程大学
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