福建师范大学广播电台于2007年9月正式将原来两个校区的两个电台统一合并至旗山校区进行统一管理,2009年9月实现同步放音。
校电台现设五大部门:编辑中心、播音中心、技术中心、办公室、对外交流中心。各中心各司其职,互相配合,保证电台工作高效运行。
在人员管理方面,校电台采用台委责任制,设台长一名、中心主任五名、副主任若干,各节目组设置责编若干,职责范围渐次而下,各有所分,环环相扣,此管理体系不仅建立和培养了电台人员严谨细致的工作作风,而且极大地促进了电台的自我完善和全面发展。