大二上学期的课本有：微生物学、普通真菌学、植物生理学、基础生物化学、菌物学导论、菌类资源学、发酵工程、食用菌育种学、食用菌栽培学、药用菌产品开发与利用、食用菌产品加工学。
吉林农业大学应用生物科学专业主要课程：
微生物学、普通真菌学、植物生理学、基础生物化学、菌物学导论、菌类资源学、发酵工程、食用菌育种学、食用菌栽培学、药用菌产品开发与利用、食用菌产品加工学。
吉林农业大学应用生物科学专业培养目标：
培养具备应用生物科学的基本知识和技能，掌握菌物学方面的相关知识及实践操作技能，具有较强的菌种生产、指导栽培、产品加工、品种选育以及生物发酵能力。具有创新、创业精神的高级科技人才。
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