南京大学日语系本科教学旨在培养能熟练地运用日语从事涉日翻译、日语教学、商贸、管理、国际文化交流等领域工作的高级人才。大学本科四年期间要求学生具有较扎实的日语语言基础和较强的日语语言运用能力，牢固掌握广泛的人文、科技、经贸等方面的专业知识，注重培养学生具有较强的写作能力，独立思考能力和创新意识，同时并具备良好的思想道德素质、文化素质和心理素质。
日语系每年招收本科学生20人左右，在校本科学生数为80人左右。日语系十分重视本科教学工作，管理规范，有社会实践基地，每年暑期能为学生提供实习机会。日语本科专业的主要课程有日语精读、听说、会话、写作、翻译、口译、日本概况、日本时事、日本文学、日本文学选读、日语语法、高级听解、日本文化、高级视听等。
日语系本科学生每年有11%的优秀毕业生保送直接攻读南京大学或外校本专业的硕士学位。
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