南通大学更好。
1、排名对比
根据校友会2020江苏省大学排名，南通大学位于江苏省第18名，全国206名，常州大学位居江苏省第20名，全国272名。
2、位置对比
就位置而言，南通大学位于江苏省南通市，离上海近，近些年发展非常迅猛，尤其现在通了铁路，离上海等地就更方便了。而常州大学位于江苏省常州市，地处苏南，是长江三角洲地区中心城市之一，经济发展一直都很好。
3、专业对比
就专业而言，由原来的南通工学院，南通医学院和南通师范学院合而来，因此在医学，预防医学，电气工程及其自动化，英语，汉语，教育，电子信息工程，计算机科学，历史学，通信工程等专业都具有优势。
而常州大学前身为化工类院校，因此该校在化学工艺，化工过程机械学科，油气储运工程学科，应用化学，材料学都非常有优势，另外该校的计算机科学和技术，环境科学与工程，工商管理等专业也值得考虑。
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