宇航学院面向航天，主要做系统级的研究；自动化学院做航空的比较多。从师资力量方面看，自动化强一些，牛人较多，宇航这边也有很多大项目，发展前景都不错，关键看个人兴趣，可以跟导师接触一下。
个人意见，仅供参考
北京航空航天大学是可接受中国政府奖学金生的高等院校之一。机械工程及自动化学院针对外国留学硕士和博士研究生的特点，制定了相应的培养方案，在教学环节中使用英语作为教学语言，已先后在航空宇航制造工程、机械制造及其自动化、材料加工工程、工业与制造系统工程、机械电子工程、机械设计及理论等学科培养了来自巴基斯坦、利比亚、缅甸、委内瑞拉等国家的留学硕士、博士研究生20余人。目前，全院在校留学研究生共有20余名。
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