根据教育部全国第四轮学科评估结果可知，南京航空航天大学学科评估结果共有A、B、C三类专业的评级排名。
南京航空航天大学A-学科有3个：管理科学与工程、力学、机械工程。这些评级为A的学科所对应的本科专业，也是南京航空航天大学最有名的专业。
南京航空航天大学B类学科名单：控制科学与工程 B+ ；电气工程 B+；软件工程 B+；计算机科学与技术 B+；航空宇航科学与技术 B+；动力工程及工程热物理 B；材料科学与工程 B；交通运输工程 B；信息与通信工程 B；马克思主义理论 B；工商管理 B；仪器科学与技术 B-；数学 。
南京航空航天大学C类学科名单：光学工程 C+；物理学 C+；外国语言文学 C+；土木工程 C ；电子科学与技术 C；化学 C；核科学与技术 C-；生物医学工程 C-。
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