北京大学设有人文、理学、社会科学、信息与工程、医学5个学部，62个直属院系。
理学部：北京大学数学科学学院、北京大学物理学院、北京大学化学与分子工程学院、北京大学生命科学学院、北京大学城市与环境学院、北京大学地球与空间科学学院、北京大学心理学系、北京大学建筑与景观设计学院、、
信息与工程科学部：北京大学信息科学技术学院、北京大学工学院、北京大学计算机科学技术研究所、北京大学软件与微电子学院、北京大学环境科学与工程学院
人文学部 北京大学中国语言文学系、北京大学历史学系、北京大学考古文博学院、北京大学哲学系（宗教学系）、北京大学外国语学院、北京大学艺术学院、对外汉语教育学院、北京大学歌剧研究院
社会科学部：北京大学国际关系学院、北京大学经济学院、北京大学光华管理学院、北京大学法学院、北京大学信息管理系、北京大学社会学系、政府管理学院、北京大学马克思主义学院、北京大学教育学院、北京大学新闻与传播学院、北京大学人口研究所、北京大学国家发展研究院、北京大学体育教研部
医学部：北京大学基础医学院、北京大学药学院、北京大学公共卫生学院、北京大学护理学院、北京大学医学人文研究院、公共教学部医学网络教育学院、北京大学第一医院、北京大学人民医院、北京大学第三医院、北京大学口腔医院、北京大学第六医院、北京肿瘤医院、北京大学深圳医院、北京大学首钢医院
跨学科类：北京大学元培学院、北京大学先进技术研究院、北京大学前沿交叉学科研究院、北京大学中国社会科学调查中心、北京大学分子医学研究所、北京大学科维理天文研究所、北京大学核科学与技术研究院、北京国际数学研究中心
深圳研究生院 ：北京大学信息工程学院、化学生物学与生物技术学院、北京大学环境与能源学院、北京大学城市规划与设计学院、北京大学新材料学院、北京大学汇丰商学院、北京大学国际法学院、北京大学人文社会科学学院
001 数学科学学院
004 物理学院
010 化学与分子工程学院
011 生命科学学院
012 地球与空间科学学院
013 环境学院
016 心理学系
017 软件与微电子学院
048 信息科学技术学院
086 工学院
182 分子医学研究所
018 新闻与传播学院
020 中国语言文学系
021 历史学系
022 考古文博院
023 哲学系
024 国际关系学院
025 经济学院
028 光华管理学院
029 法学院
030 信息管理系
031 社会学系（含社会学人类学研究所）
032 政府管理学院
039 外国语学院
040 马克思主义学院
041 体育教研部
043 艺术学院
044 对外汉语教育学院
047 深圳研究生院
062 中国经济研究中心
067 教育学院
068 人口研究所
891 基础医学院
892 药学院
893 公共卫生学院
894 护理学院
895 公共教学部
910 第一临床医学院
920 第二临床医学院
930 第三临床医学院
931 第四临床医学院（积水潭医院）
940 口腔医学院
950 精神卫生研究所
960 临床肿瘤学院
971 卫生部北京医院
972 中日友好医院
973 北京世纪坛医院
974 航天中心医院
975 首都儿科研究所附属儿童医院
976 民航总医院
977 深圳临床医学院
978 首钢总医院
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