主校区
南通大学主校区，在江苏省南通市崇川区啬园路9号。因为靠近啬园，所以现又被称为“啬园校区”。有文学院、理学院、商学院、外国语学院、机械工程学院、电子信息学院、电气工程学院、计算机科学与技术学院、建筑工程学院、纺织服装学院。主校区呢，有两个操场，西操和东操。西操场靠近西门，距离一食堂很近，有跑道、篮球场、网球场等等。
启东校区
南通市启东市高新技术产业开发区，东临黄海，西靠振海河，南北在海滨河和南海路之间，具有独特的区位优势。校区占地面积1231亩，总建筑面积23.2万平方米有公共卫生学院、地理科学学院、理学院、法政与管理学院。
启秀校区
在江苏省南通市，位于风景秀丽的濠河之畔，分为医学院、护理学院、药学院和神经再生重点实验室，其中医学院前身为私立南通医学专门学校，从1927年起，学校数易其名，先后为私立南通医科大学、私立南通大学医科、私立南通学院医科，1956年改称为南通医学院。
钟秀校区
南通市外环东路999号，在原南通师范学院教育系教育学、应用心理学、以及信息系教育技术学等专业相关实验室基础上，于2004年南通大学组建后成立。2014年在学校校区调整中，由钟秀校区现教楼8号楼整体搬迁至主校区18号教学楼，分布在8、9、11等楼层，总使用面积1410平米。
南通大学启东校区分数线如下：一批本科：文科445分，理科415分；二批本科：文科406分，理科378分；高职高专：文理科均为280分。具体分数线是根据考生人数，学校计划录取人数等多个因素来决定的。一批本科分数线高于二批本科，是因为一批本科大多数是重点高中、示范高中等学校的优秀学生，考试成绩较好，竞争压力较大，所以录取分数线要高一些。而高职高专分数线较低，是因为录取的学生学历较低，考试难度较低，所以录取分数线相对较低。总之，考生要根据自己的实际情况去选择自己适合的院校和专业，而不是盲目追求高分。
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