南京理工大学有56个专业：统计学专业、智能电网信息工程专业、日语专业、纳米材料与技术、材料物理专业、材料科学与工程专业、材料成型与控制工程专业、真空电子技术专业、信息对抗技术专业、微电子学专业、通信工程专业、探测制导与控制技术专业、光电信息工程专业、电子信息工程专业、电子科学与技术专业、制药工程专业、应用化学专业、特种能源工程与烟火技术专业、化学工程与工艺专业、高分子材料及工程专业、材料化学专业、安全工程专业、生物工程专业、环境工程专业、辐射防护与环境工程专业、武器系统工程专业、机械工程及自动化专业、工业工程专业、飞行器设计与工程专业、车辆工程专业、测控技术与仪器专业、网络工程专业、软件工程专业、计算机科学与技术专业、信息管理和信息系统专业、市场营销专业、人力资源管理专业、经济学专业、金融学专业、会计学专业等。
南京理工大学研究生院设有专业：
机械工程学院：工程力学，机械制造及其自动化，机械电子工程，机械设计及理论，车辆工程，工业工程，精密仪器及机械，测试计量技术及仪器，微系统与测控技术，飞行器设计，航空宇航推进理论与工程。
计算机科学与工程学院：模式识别与智能系统，计算机系统结构，计算机软件与理论，计算机应技术，智能计算与系统，生物医学工程，软件工程，网络空间安全，电子信息。
经济管理学院：金融学，产业经济学，国际贸易学，劳动经济学，管理科学与工程，会计学，企业管理，技术经济及管理，图书馆学，情报学，档案学，工商管理，金融，国际商务，会计，图书情报。
能源与动力工程学院：流体力学，工程力学，工程热物理，热能工程，制冷及低温工程，新能源科学与工程，电力系统及其自动化，电力电子与电力传动。
外国语学院：英语语言文学，日语语言文学，外国语言学及应用语言学，英语笔译。
设计艺术与传媒学院：传播学，设计学，机械。
南京理工大学专业排名为数学与应用数学专业、电气工程与智能控制专业、通信工程专业等。
一、数学与应用数学专业：
1、南京理工大学数学与应用数学专业2013年度在本省录取平均成绩为377分，在本省所有理科招生专业中录取分数排行第1名。
2、数学与应用数学是一个学科专业，该专业培养掌握数学科学的基本理论与基本方法，具备运用数学知识、使用计算机解决实际问题的能力，受到科学研究的初步训练的高级专门人才。
二、电气工程与智能控制专业：
1、南京理工大学电气工程与智能控制专业2013年度在本省录取平均成绩为376分，在本省所有理科招生专业中录取分数排行第2名。
2、南京理工大学电气工程与智能控制专业毕业生可从事现代企业特别是外企的生产和管理的自动控制、电气设备的系统控制和运行维护等方面的工作，也可从事科研工作。
三、通信工程专业：
1、南京理工大学通信工程专业2013年度在本省录取平均成绩为374分，在本省所有理科招生专业中录取分数排行第3名。
2、本专业培养具备通信技术、通信系统和通信网等方面的知识，能在通信领域中从事研究、设计、制造、运营及在国民经济各部门和国防工业中从事开发、应用通信技术与设备的高级工程技术人才。
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