上海交通大学最好的专业，
是该校的29个国家级特色专业：
微电子学
信息安全
信息工程
软件工程(设3个专业方向)
临床医学
口腔医学
生物技术
机械工程及自动化
信息工程
船舶与海洋工程
工业工程
医学检验
计算机科学与技术
生物医学工程
电气工程与自动化
土木工程
热能与动力工程
自动化
工程力学
生物工程
护理学
法学
电子科学与技术
环境科学与工程
化学工程与工艺
食品科学与工程
植物生物技术
核工程与核技术
材料科学与工程
生物工程是一门综合性应用学科，需要掌握生物科学基本知识和系统的生物工程原理及其产业化工程技术的基本理论及基本技能，本专业学生主要学习微生物学、生物化学、化学工程、发酵工程等方面的基本理论和基本知识。想要知道生物工程专业的优劣，需要参考该学校生物工程的研究方向和相近专业。
1.侧重生物学的生物工程专业
主要是一些985/211/双一流高校生物专业比较好的学校，生物工程专业主要开设在生命科学学院，侧重于分子生物学、微生物等基础生物学。如上海交通大学，2016年第四轮全国一级学科评估中生物学跻身第一方阵，2017年生物学被列入“双一流”建设学科名单，生物工程一级学科博士点新获批建设。
2.侧重食品发酵的生物工程专业
如江南大学生物工程学院的生物工程专业，该专业是国家特色专业、教育部首批“卓越工程师教育培养计划”专业，国家专业综合改革试点专业、江苏省品牌专业。南京农业大学食品科技学院的生物工程专业（江苏省特色专业）。这些学校的食品专业或者发酵专业较好，生物工程专业和食品紧密联系，甚至开设在同一学院。
3.侧重化学的生物工程专业
浙江大学化学工程与生物工程学院的生物工程专业，主要研究方向有生物催化与生物转化工程、生物过程工程、生物资源工程、生物制药工程、纳米生物技术、合成生物技术、仿生功能膜与膜技术等。
总的来说，生物工程基础课程大同小异，但是研究领域各有不同，考虑学校的时候需要结合自己的兴趣和该校的研究方向。
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