交通运输工程学院所属主要学科的历史可以上溯到1952年，在院系调整中，同济大学、交通大学、复旦大学、清华大学等院校土木工程相关专业合并建立同济大学公路铁路与桥梁系。交通运输工程学院是首批获得交通运输一级学科博士点的院校，拥有道路与铁道工程、交通运输规划与管理、交通信息工程与控制、载运工具运用工程四个二级学科的博士点与硕士点，以及道路与铁道工程和交通运输规划与管理博士后流动站。交通运输工程学科为同济大学的优势学科和优先发展学科，先后被确定为上海市重点学科、国家重点学科和“211工程”重点建设学科。
职务 姓名 院长 顾祥林 副院长 黄宏伟 副院长 李建中 副院长 赵宪忠 副院长 熊海贝 系、所：建筑工程系、地下建筑与工程系、桥梁工程系、结构工程与防灾研究所、水利工程系
实验室：土木工程防灾国家重点实验室、工程结构动力实验室、桥梁试验室、工程结构静力实验室、岩土工程实验中心、建筑结构实验室、计算机辅助教学实验室
信息中心：岩土工程信息中心、各系资料室、结构工程师编辑部、《建筑钢结构进展》编辑部
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