南京大学最好的专业有天文学、地质学和图书情报与档案管理、哲学、社会学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、物理学、生物学、计算机科学与技术等。
南京大学国家重点学科
一级学科：中国语言文学、地质学、数学、生物学、物理学、计算机科学与技术、化学、天文学。
二级学科：马克思主义哲学、世界史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、情报学、微电子与固体电子学、环境科学、材料物理与化学、气象学、自然地理学、外科学。
南京大学国家级特色专业
历史学、哲学、新闻学、行政管理、数学与应用数学、软件工程、物理学、天文学、大气科学、生物科学、临床医学、环境科学、化学。
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