北京大学环境科学系作为北京大学环境学院下属最大的系，主要由前环境科学中心教学科研人员组成。其实体队伍成立于1982年，是我国最早的集科学研究、环境教育和社会服务于一体的学术机构之一。环境科学系充分发挥北京大学文理学科的优势，形成了以大气环境、环境管理和可持续发展三个学科方向为支柱的环境科学框架。近年来，环境科学系十分注重全球环境问题研究，努力建设相关研究的基础条件，形成了知识结构配置合理的研究队伍，具有由基础研究到决策支持的丰富经验和能力。
北京大学是我国最早开展环境科学教学和科研的机构之一。70年代初期就开展了兰州光化学烟雾污染、北京西郊环境质量评价等科学研究和教学工作。1982年北京大学成立了环境科学中心，1986年环境科学中心成为北京大学与国家环保局的共管单位。2002年，环境科学中心与城市与环境学系、技术物理系合并成立了环境学院，北京大学正式成立了环境科学与工程学院。
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