位于新竹市的大学有6所，分别是
台湾清华大学：台湾清华大学首设台湾清华大学原子科学研究所，1964年恢复大学部。2016年11月1日台湾新竹教育大学并入台湾清华大学。北京清华大学与新竹清华大学现双方合作MOOC课程、学术访问制度及双联学位课程，并与厦门市三方共建“清华海峡研究院”，促进两岸学术及文化交流。
台湾交通大学：台湾交通大学（National Chiao Tung University），简称“台交”“NCTU”，位于中华人民共和国台湾省新竹市，是台湾顶尖研究型重点大学之一，与台湾清华大学及新竹科学工业园区相邻，与中国大陆四所交大共同联合成立“交通大学校友总会”。
台湾艺术大学：台湾艺术大学（英文：National Taiwan University of Arts，NTUA），简称台艺大，成立于1955年10月31日，位于台湾省新北市板桥区浮洲地区，前身为艺术学校及后来的台湾艺术专科学校（简称艺专）。台湾艺术大学是台湾地区历史最悠久、学科结构最均衡的艺术高等学府，也是近代台湾艺术教育的重镇。
台湾中华大学：中华大学（Chung Hua University，CHU），位于台湾省新竹市香山区。创立于1990年，前身为中华工学院。中华大学系由新竹地区热心教育之企业家，基于落实科技教育、协助地方产业升级、增加地方推广教育的使命而兴办的
台湾玄奘大学：玄奘大学（英文名：Hsuan Chuang University，HCU），简称“玄奘”，位于中国台湾地区新竹市香山区，是一所成立于1997年的私立大学。该校系由台湾佛教界所集资兴建，前身为“玄奘人文社会学院”，2004年改制为玄奘大学。
台湾元培科技大学：元培医事科技大学位于台湾新竹，1962年创校人蔡炳坤先生自欧美考察八十八天後，因深感核子医学研究与发展过於缓慢、医事科技专才相对不足，创校兴学的理想於此发端，并展开筹划。
新竹市（Hsinchu City），位于中国台湾省西北部，是一座新型工业城市。
新竹市人口40万，面积约102平方公里，位于由头前溪和凤山溪冲积而成的狭长平原上，东北与新竹县接壤，南与苗栗县毗邻，西面濒临台湾海峡，沿岸多沙滩，地势自东南而西北渐次低下，形成一畚箕形。
新竹旧称“竹堑”，原为平埔人道卡斯人“竹堑社”的生活居地，汉人有系统的开垦始于18世纪初期，1733年以莿竹建城，1756年淡水厅设治竹堑。因为终年多风，又有“风城”之称，是北台湾最早开发的城市。
国立交通大学（英语：National Chiao Tung University，缩写为NCTU），简称（台湾）交大，是台湾省一所研究型大学，也是研究型重点大学之一。该校主要为国家和台湾培育工程（Engineering）、科学（Science）及管理（Administration）人才，此办校宗旨也表现于交通大学校徽上。交通大学前身为1896年创立於上海的南洋公学，1896年创立于山海关北洋铁路官学堂。两岸分治後，上海原址改组为西安交通大学和上海交通大学。唐山原址改组为西南交通大学。1958年，交通大学则继国立政治大学及国立清华大学之後在台复校，选定新竹市正式复校，与国立清华大学及新竹科学工业园区相邻。今日的国立交通大学，为迈向顶尖大学计画成员，并与同为在台复校的清华大学、政治大学为台湾知名院校之一。1交通大学曾一度议与清华大学合并，最后未果。2位於新竹市的交通大学也同上海交通大学、西安交通大学、西南交通大学、北京交通大学并称「饮水思源 五校一家」，代表五校系出同源。饮水思源纪念碑也为各校的精神团结的象徵之一。
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