南大和中科大同称“华五”高校之一，综合声誉方面不相上下，但学科上各有所长。
在第四轮学科评估中，中科大有15个学科进入A类，其中物理、化学、地球物理学、核科学与技术、天文学、安全工程等7个学科被评为A+，在国内名列第一（含并列），数学、生物学也接近A+水平。而南京大学A类学科获得数共21个，A类学科总数位居全国第6，其中天文学、地质学和图书情报与档案管理三个学科获得A+，哲学、社会学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、物理学、生物学、计算机科学与技术、环境科学与工程、软件工程、工商管理等11个学科获得A，理论经济学、法学、数学、化学、地理学、生态学、电子科学与技术等7个学科获得A-。
从中不难看出，中科大在理科的数理化生物方面优势明显，而南大则在文理科两方面相对均衡，换句话说，南大又在文科整方面拥有相对优势。
不同考生，看待大学的角度有所不同。如果是文科生，选择南大要好点。而理科生，则可重点考虑中科大。
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