区别是地理位置不同、学科设置不同、教学设施不同。
1、地理位置：交大闵行校区位于上海闵行区东川路800号，占地面积较大，可以容纳更多的学生和教职工。而交大徐汇校区位于上海徐汇区华山路1954号，占地面积较小，但位于市区中心，交通便利。
2、学科设置：两个校区的学科设置略有不同，交大闵行校区主要强调工科和理科领域，如机械、材料、能源、化学、物理等。而交大徐汇校区则更加注重社会科学、管理和人文学科，如经济、法律、媒体与传播、文化与创意产业等。
3、教学设施：交大闵行校区的教学设施比较完备，拥有大量的实验室、图书馆、运动场馆等。而交大徐汇校区则相对简单，但更加注重创新和实践教学，如建有创新中心、孵化器等。
上海交通大学一共有5个校区：
1.徐汇校区：最早的一个校区，以博士生和行政单位为主。
2.七宝校区：重庆南路校区，以现在的医学院为主。
3.卢湾校区：上中路校区，以农学院的研究生为主。
4.长宁校区：以交大技术学院的学生为主。
5.闵行校区：规模最大，以研究生，本科生以及留学生为主。
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