1996年4月，经国家教委批准，延边五所院校合并为新的延边大学，随后学校相继成立了延边大学中心图书馆、延边大学医学院图书馆、延边大学农学院图书馆、延边大学师范学院图书馆、延边大学艺术学院图书馆和延边大学科技学院图书馆。
1998年9月，延边大学师范学院图书馆并入到中心图书馆。
2000年随着延边大学护理学院的成立，原延边卫生学校图书馆更名为延边大学护理学院图书馆。
2002年，延边地区5所高校图书馆正式合并，实行总馆分馆制管理模式。
2011年9月，随着学校集中办学目标的逐步实现和新校区科技图书馆建成启用，五校区图书馆实现全方位实质性合并，取消总馆分馆制，实行一馆制管理模式。
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