南京航空航天大学最好的专业排名如下：
1.工程力学
2.飞机设计与工程
3.飞机动力工程
4.能源与动力工程
5.自动化
6.电气工程及其自动化
7.信息工程
8.机械工程
9.飞机制造工程
10.材料科学与工程
11.交通运输
12.土木工程
13.工业工程
14.航空航天工程
15.计算机科学与技术
根据教育部公布的《双万计划》名单，南京航空航天大学共有如上15个专业被评为国家一流本科专业，均可称为南京航空航天大学最好的专业。
在教育部第四轮国家级学科评估中，其中南京航空航天大学中力学、机械工程、管理科学与工程学科被评为A-，是该校所有上榜学科中评估结果最好的专业。
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