西南大学专业有教育学、心理学、农学、特种经济动物饲养（蚕学）、食品科学与工程、生物科学、植物保护、蚕学、数学与应用数学、园艺、历史学、化学、农林经济管理、语言文学、物理学、动物医学、农业资源与环境、思想政治教育、英语等专业。
据2020年5月学校官网信息显示，西南大学有53个一级学科，其中有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科，28个一级学科具有博士学位授予权、51个一级学科具有硕士学位授予权，有1种专业博士学位、19种专业硕士学位，另有博士后科研流动站22个。
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