12000年10月南京航空航天大学进行院系调整，将原飞行器系、空气动力学系以及智能材料与结构研究所、材料力学和理论力学教研室合并组建成为航空宇航学院。学院下设飞行器、空气动力学、结构工程与力学、人机与环境工程、土木工程等五个系，并设有直升机技术研究所、飞机设计技术研究所、振动工程研究所、空气动力学研究所、智能材料与结构研究所等18个研究机构。
2、南京航空航天大学航天学院现设有航天控制系、航天信息和应用系，拥有信息工程（航天信息应用）、信息工程（航天电子信息技术）、探测制导与控制技术（航天）和空间科学与技术4个本科专业，并与国外著名航空航天大学联合开展本硕连读学历教育。
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