复旦大学研究生院成立于1984年11月6日，上海医科大学研究生院成立于1985年1月25日，均为我国恢复研究生教育制度后，全国首批建立的22所研究生院之一。2000年4月复旦大学与上海医科大学合并组建成新的复旦大学，研究生院也合并成新的复旦大学研究生院，由此形成了文、史、哲、法、经济及理、工、医、管理等学科专业门类齐全的综合性研究生培养格局。
复旦大学研究生培养德、智、体全面发展，掌握本学科坚实的基础理论和系统的专业知识，具有创新精神、创新能力和从事科学研究、教学、管理等工作能力的高层次学术型专门人才，以及具有较强解决实际问题的能力、能够承担专业技术或管理工作、具有良好职业素养的高层次应用型专门人才。
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