学院坚持走国际化办学道路，与国外多所著名大学和科研机构开展广泛的科研合作与学术交流,着力培养具有国际视野和国际竞争力的人才。拓展国际化办学渠道，先后与海德堡大学、瑞典皇家理工学院等7所大学签署双学位项目，与约翰霍普金斯大学等6所院校签署暑期交流项目，本科生海外交流覆盖率达50%以上。加强国际科研合作与交流，建成上海交通大学瑞典文化交流中心，与约翰霍普金斯、加州伯克利、瑞典皇家理工、法国矿业、德国海德堡、英国帝国理工、澳大利亚悉尼大学等多所高校和科研机构开展国际科研合作。不断提升学院国际学术影响力，成功举办国际脑卒中高峰会议、国际治疗超声大会、IEEE EMBS国际神经工程大会等顶级国际学术会议。
我们的目标是：到2020年，初步形成卓越的创新人才成长体系，学院成为国际学术大师荟萃、优秀青年才俊辈出的人才集聚地；初步形成卓越的创新人才培养体系，国家级教学成果奖、规划教材、市精品课程取得突破、教书育人蔚然成风、“学在生医工”形成特色；初步形成卓越的科技创新与服务转化体系，产生若干国际公认的原创成果，形成若干具有行业影响力的转化技术，国家级科技奖、基地取得突破；生物医学工程学科建成全国顶尖学科，进入世界一流行列。
到建校150周年，全面实现建成世界一流学科、世界一流学院、培养世界一流人才的历史性奋斗目标，实现人才培养、科技创新、成果转化的多层次突破，为攻克重大疾病难题、服务创新型国家建设做出突出贡献，为民族复兴、国家富强、人类进步做出突出贡献。
学院在发展自己重点优势学科的同时，密切关注本领域的学术动向，注重吸收国际先进理论与技术，多方位开展国际交往，至今已经与美国、日本、德国、丹麦、比利时、以色列、新加坡、韩国、泰国等国家进行学术交流或互派研究人员；与日本国立环境研究所、 美国佛罗里达州立大学签订共同合作研究协定；与 日本筑波大学共同召开了专题研讨会，并参加了环境工程中日大学群研究计划。学院将进一步扩大国际合作的深度与广度，借鉴国内外的成功经验，坚持与国际名校、名所（实验室）、名企合作，坚持走国际化办学的道路，最终实现建设世界一流环境学院的目标。
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