复旦大学物理系的前身是复旦大学数理系的物理组。1952 年，全国高等学校进行院系调整时，把当时交通大学、浙江大学、同济大学等十余所大学物理系的主要教师和设备集中到复旦大学，创建复旦大学物理系。王福山任物理系主任。刚成立的物理系，教授、副教授、讲师和助教一共只有18人。他们来自十多个不同的单位，彼此不熟，而且刚经过思想改造运动，有的同志还带有某种沮丧情绪。王福山虚怀若谷，倾听各方面意见，事事从全系的大局出发，很快消除了各种矛盾，使全系教师各尽本人之所能。他又积极引进像谢希德、华中一、蔡祖泉、赖祖武等一批优秀人才。
建系后，物理系学生大幅度增加，1952年首次经统一招生进入物理系一年级的学生就有100多人。王福山意识到首要的任务是尽快把在学习前苏联基础上形成的物理专业教学计划中的各门课程开出来，同时致力于实验室建设，并积极组织力量开展科学研究。从50年代中期开始，先后组织全系教师在理论物理、固体物理、原子核物理、光学、电介质物理、无线电电子学、电子计算机、电子物理、真空物理与真空技术等领域开展研究工作。经过十多年的奋斗，复旦大学的物理系已具有在国内有一定影响的普通物理实验室、中级物理实验室、物理演示实验室等教学实验室和许多科研实验室，原来只有18位教师的物理系，一跃成为有200余位教职工的全校最大的系。
在同济大学，从原来的以土建为主的单科性工科学校向理工结合的多科性大学转变过程中，1979年，决定重建同济大学物理系，并接受德国大众汽车厂基金会的资助，建立玻耳固体物理实验室。王福山在兼任同济大学物理系名誉系主任和玻耳固体物理实验室主任期间，具体参加重建物理系的规划与决策。王福山充分发挥自己的影响，利用复旦大学和上海市的力量，为同济大学借用力量，引进人才，使同济大学物理系很快建立起来，并具有自己的特色。
从同济大学物理系主任到复旦大学物理系主任，又到同济大学物理系名誉主任，前后40余年，王福山一直默默无闻、埋头工作，充分体现了这一代中国知识分子热爱祖国，不计名利，甘为“孺子牛”的精神。
王福山是学理论物理的，但他始终认为物理学是一门实验科学，在物理教学中加强实验十分重要，尤其是学生刚进大学的第一门实验课——普通物理实验，它是学生接受实验训练的开端，是以后实验工作的基础。早在1948年，在他担任同济大学物理系主任时期，就深感没有物理实验室之苦。同济大学从四川迁回上海途中，因轮船触礁，全部仪器都沉没在长江之中。而当时的国民政府根本没有经费用于建设实验室，同济物理系的学生只能到别的学校去做实验。中华人民共和国成立后，同济物理系开始筹建实验室。为了让有限的经费发挥最大的效益，王福山曾多次到五金旧货市场和地摊购买废旧物品，因陋就简地把实验室建设起来。到院系调整时，同济大学物理系已能开出实验20余个。复旦大学物理系创建后不到三年，就建成有相当规模的普通物理实验室和中级物理实验室。王福山注意到，建设实验室固然要购置许多仪器，但有的设备并非市场上所能购到，必须自己加工制造。所以在创建复旦物理系的同时，就成立了金工场和玻璃工场。这两个工场虽不正规，但许多社会上的工厂不能胜任的工作，他们却能胜任，因而为实验室建设作出了贡献，而且在以后开展科研工作、特别是高真空技术和激光研究中发挥了更大的作用。
王福山是一位有名望的物理学家，而且是一位杰出的物理教育家。当他初任复旦大学物理系主任时，王福山始终坚持实事求是的态度，主张在批判英美教育制度时，不是否定一切；学习前苏联的教育，不能一切照搬。这些观点，对于缓和某些极端做法，避免或减少极端做法的消极作用，有一定效果。关于本科学生在业务方面的培养目标，他认为本科学生的培养口径应宽一点，适应性应强一点、基础要扎实一点，认为把本科学生培养成物理学家、专门家或高级专门人才等提法都太高，实际上是达不到的。他曾形象地将本科培养出来的学生比喻为一种：“高质量的原材料”，“未开口的斧头”，认为本科毕业的学生到工作岗位上必然有一个再学习的问题，学生只要具备了学习的基础、学习的能力和习惯，将来不论从事哪一方面的工作，都应能够胜任的。他在教学过程中十分重视对学生能力的培养，主张课堂讲授的内容要少而精，给学生必要的基础，而比较深入的问题应启发学生自己进行思考和钻研。认为把所有的内容都讲深讲透并不是好的讲授方式，把许多内容经教师嚼碎后喂给学生，看起来给了学生许多知识，实际上使学生失去了必要的思考和研究的机会，最终必将影响学生消化能力的增长。他一向不赞成在教学过程中对学生扶得过多、抱得过多的做法，主张要让学生会走路，碰些钉子，跌倒了，爬起来继续前进。在课程安排上，他主张学时数应少一点，学生课外自学的时间应适当多一点，要让学生根据自己的情况学得主动一点，积极一点，不要把学生的课外时间安排得过紧，使学生处于被动状态。他非常重视因材施教，认为对学生的要求不宜统得过死，不要一刀切，既不要拔苗助长，也不要压抑生长。在教学管理上，王福山一向不赞成根据学生考试成绩的高低来评价教师的教学水平，因为这种管理方法会使研究教学变为研究考试，甚至去帮助学生考试。在师资培养上，他一直主张每位高等学校的教师必须既搞教学又搞科研，对学习前苏联后成立的主要任务是搞教学的普通物理教研组一直有不同看法。50年代后期，对一大批青年教师被分配到普通物理教研组专事教学而感到非常不安。为了试图改变这种状况，他曾利用晚上时间为普物教研组的青年教师作关于原子核方面的讲座，以帮助他们进入前沿领域。直到他退居二线，他对未能改变这种状况仍感到遗憾。王福山在教育方面的许多见解，并非在所有的情况下都被大家所认识、理解，要付之实施困难更大。党的十一届三中全会以后，中国进入了一个新的历史时期。这个历史时期，正是王福山的教育思想得以实施的时期，尽管王福山到晚年已退居二线，但他的教育思想对复旦大学物理系的影响都一直存在。
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