东南大学最牛的专业有：建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、艺术理论学。
作为“建筑老八校”成员之一，建筑学、土木工程实力强是毋庸置疑的，建筑学专业仅次于清华大学排名全国第二，土木工程专业仅次于同济大学排名全国第二，值得一提的是东南大学还被誉为我国建筑人才培养的“黄埔军校”，真是学校的顶尖王牌，实至名归。
交通运输工程专业实力也不容小视，2022年全国交通运输工程大学排名第一便是东南大学，其次是西南交通大学，两个都是A+。
东南大学研究生王牌专业排名如下
土木工程：排名第1
电气工程：排名第4
机械工程：排名第4
材料科学：排名第4
计算机科学：排名第5
化学工程：排名第6
数学：排名第7
物理学：排名第8
生物医学工程：排名第9
交通运输工程：排名第11
需要注意的是，不同的排名机构可能会根据不同的评估标准给出不同的排名结果，以上排名仅供参考。此外，每个专业的具体质量还需要考虑各种因素，包括师资力量、科研实力、教学质量、教学设施等。
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