两个不同的学院。应用物理中心是挂靠在物理学院下的一个机构，实际上物理学院不按这个名称划分，只是挂个牌，作为研究单位，不以此名义招收本科生和研究生。学生在物理学院本科不分专业，毕业后获得理学学士学位，研究生也不按这个中心划分单位。工学院是另一个学院，颁发工学学位，招收本科生和研究生。
北京大学设有人文、理学、社会科学、信息与工程、医学5个学部，62个直属院系。
理学部：北京大学数学科学学院、北京大学物理学院、北京大学化学与分子工程学院、北京大学生命科学学院、北京大学城市与环境学院、北京大学地球与空间科学学院、北京大学心理学系、北京大学建筑与景观设计学院、、
信息与工程科学部：北京大学信息科学技术学院、北京大学工学院、北京大学计算机科学技术研究所、北京大学软件与微电子学院、北京大学环境科学与工程学院
人文学部 北京大学中国语言文学系、北京大学历史学系、北京大学考古文博学院、北京大学哲学系（宗教学系）、北京大学外国语学院、北京大学艺术学院、对外汉语教育学院、北京大学歌剧研究院
社会科学部：北京大学国际关系学院、北京大学经济学院、北京大学光华管理学院、北京大学法学院、北京大学信息管理系、北京大学社会学系、政府管理学院、北京大学马克思主义学院、北京大学教育学院、北京大学新闻与传播学院、北京大学人口研究所、北京大学国家发展研究院、北京大学体育教研部
医学部：北京大学基础医学院、北京大学药学院、北京大学公共卫生学院、北京大学护理学院、北京大学医学人文研究院、公共教学部医学网络教育学院、北京大学第一医院、北京大学人民医院、北京大学第三医院、北京大学口腔医院、北京大学第六医院、北京肿瘤医院、北京大学深圳医院、北京大学首钢医院
跨学科类：北京大学元培学院、北京大学先进技术研究院、北京大学前沿交叉学科研究院、北京大学中国社会科学调查中心、北京大学分子医学研究所、北京大学科维理天文研究所、北京大学核科学与技术研究院、北京国际数学研究中心
深圳研究生院 ：北京大学信息工程学院、化学生物学与生物技术学院、北京大学环境与能源学院、北京大学城市规划与设计学院、北京大学新材料学院、北京大学汇丰商学院、北京大学国际法学院、北京大学人文社会科学学院
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