学校现有10个省级重点学科、4个广西高校重点实验室、1个广西高校重点建设实验室、3个博士后科研流动站。4个一级学科具有硕士学位授予权，39个学科专业具有硕士学位授予权，学科硕士点覆盖率为94.29%；
9、个学科具有博士学位授予权，博士点覆盖率为25.7%。广西医科大学是广西区内第一个获得博士点、第一个博士后科研流动站、广西第一篇博士学位论文入选为全国优秀博士论文、第一个七年制临床医学专业资格的单位，是一所同时拥有学士——硕士——博士——博士后四个培养层次的高等医学学府，是广西医学教育、医学研究、临床医疗和预防保健的中心。2007年广西医科大学学科建设取得2个重大突破：
一是《区域性高发肿瘤早期防治研究》实验室获得省部共建教育部重点实验室，二是肿瘤学获得国家重点（培育）学科。
研究生学院于2003年率先在全区开发和运用广西医科大学研究生教育管理信息系统，内容涵盖了研究生教育从招生、培养、学位授予、思想教育到就业的全过程，2006年开始，管理系统对研究生的培养过程进行适时监控，实现了研究生培养的目标管理过渡到过程管理，研究生每个阶段的教学、实习、科研和导师指导研究生的情况都可以及时在管理系统中体现，使研究生教育管理的全过程已实现了信息化、网络化。
近几年来，随着学位点数量尤其是博士学位授权点不断增加，研究生学院深化改革，勇于开拓创新，在招生、培养、管理方面采取了一系列措施，把提高培养质量放在首位，使学科建设得到较快的发展．学位与研究生教育管理工作日益规范化、科学化、数字化，更加注重研究生政治思想教育工作和研究生业余文化建设、培养提高研究生的综合素质和各种能力，已经成为高层次医学专门人才的培养基地之一。
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