学校现有中国语言文学系、哲学学院、历史学系、文物与博物馆学系、外国语言文学学院、法学院、国际关系与公共事务学院、新闻学院、经济学院、管理学院、社会发展与公共政策学院、数学科学学院、物理学系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、信息科学与工程学院、软件学院、光源与照明工程系、材料科学系、力学与工程科学系、生命科学学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、国际文化交流学院、艺术设计系等28个直属院系。
在复旦大学毕业的研究生中，有14人被授予“有突出贡献的中国博士、硕士学位获得者”称号，并有22人先后在四届全国百篇优秀博士学位论文评选获奖。复旦大学毕业研究生正以其深厚的知识素养、突出的实践能力和积极的创新精神，受到用人单位的广泛赞赏和接受。
复旦大学研究生院所在地与浙江大学研究生院所在地距离为210.4公里红绿灯12个，约2小时38分钟，途径：G15沈海高速-S12申嘉湖高速-S13练杭高速。
复旦大学研究生院地址：上海市杨浦区邯郸路220号8号楼，浙江大学研究生院地址浙江省杭州市余杭塘路866号 浙江大学紫金港校区研究生综合教育楼7楼。
复旦大学现有直属院（系）35个，附属医院17家（其中4家筹建）。学校设有本科专业76个，拥有一级学科博士学位授权点37个，一级学科硕士学位授权点43个（含一级学科博士学位授权点），博士专业学位授权点4个，硕士专业学位授权点32个，博士后科研流动站35个。
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