南航四大王牌专业：飞行器设计与工程、电气工程及自动化、电子信息科学技术、机械工程及自动化。其中电气工程及自动化全国排名第19，是南航内部最受优秀生追捧的专业。机械工程及自动化15名，省内第一，也较好。
南京航空航天大学是一所工科类重点本科院校，拥有共6个最好专业（特色专业）。但是因为每个人关注的角度不一样，答案也有很多种变化。
南京航空航天大学飞行器设计与工程、机械工程及自动化、电气工程与自动化、信息工程、交通运输、飞行器动力工程等专业可以说是南京航空航天大学最好最有特色的专业了，这些专业为同类型高校相关专业和本校的专业建设与改革起到示范带动作用。
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