南京航空航天大学是一所工科类重点本科院校，拥有共6个最好专业（特色专业）。但是因为每个人关注的角度不一样，答案也有很多种变化。
南京航空航天大学飞行器设计与工程、机械工程及自动化、电气工程与自动化、信息工程、交通运输、飞行器动力工程等专业可以说是南京航空航天大学最好最有特色的专业了，这些专业为同类型高校相关专业和本校的专业建设与改革起到示范带动作用。
南京航空航天大学王牌专业
工程力学、飞行器设计与工程、飞行器动力与工程、能源与动力工程、自动化、电气工程及其自动化、信息工程、机械工程、飞行器制造工程、材料科学与工程等。
南京航空航天大学重点学科
专业世界一流学科建设学科：力学
国家级重点学科：航空宇航科学与技术、飞行器设计、航空宇航推进理论与工程、航空宇航制造工程、人机环境与工程、力学、一般力学与力学基础、固体力学、流体力学、工程力学、机械制造及其自动化、导航、制导与控制（培育）、电力电子与电力传动（培育）。
国家级特色专业：飞行器设计、电气工程与自动化、工程图学、信息工程、机械工程及其自动化、交通运输。
省级特色专业：飞行器制作工程、飞行器环境与生命保障工程、交通运输、测控技术与仪器、计算机科学与技术、电气工程与自动化、、信息工程、热能与动力工程、工业设计、探测制导与控制。
以上内容参考：百度百科 - 南京航空航天大学
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