同济大学研究生信控系和交通系区别在于学科方向上有所不同。信控系主要涉及信息科学、控制科学和电子工程等领域，培养学生在信息处理、控制理论和电子技术等方面的综合能力，为信息技术和控制领域的研究和应用培养高级专门人才。而交通系则主要涉及交通工程、交通运输规划、交通管理等领域，培养学生在交通运输领域的综合能力，为国民经济的发展和城市交通发展提供高层次的专门人才。
学科发展战略定位于3个主要研究方向：轿车整车集成开发技术、汽车网络化制造、洁净能源汽车。2002年完成了国家“863”电动车重大专项和上海市科委项目以及教育部重点科研项目：“燃料电池轿车虚拟匹配开发研究”等。2007年汽车学院和新能源汽车工程中心共有106项科研项目立项，其中“863”项目7项，国家合作项目3项，国家自然科学基金项目2项，省部级项目20项，科研合同总额12 372万元。
2007年，新成立长安——同济汽车工程学院，清洁能源研究所、同济——联谊工贸发动机零部件研究所、同济一Mentor Graphics汽车电子系统设计实验暨培训中心、同济大学“教育推进伙伴计划（PACE）”中心。
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