1、数学。数学一直是复旦大学的王牌专业，数学与应用数学在全国具有领先地位，苏步青、谷超豪等著名数学家都出自复旦数学系，全国来说，复旦数学仅次于北京大学。数学是复旦最火的专业之一，每年转专业竞争最激烈的就是转进数学系，大多数人都宁愿为了转专业多读一年本科。
2、新闻传播学。复旦新闻是复旦大学的另外一张王牌，历史悠久，创建于1929年。在南方，如果说经管方面的对手是上海交大，那么新闻方面，复旦是没有对手的，在上海新闻界人脉处于垄断地位。复旦新闻侧重于专业素质的培养，让做财经新闻的人懂经济，让做广电技术的人懂技术。与复旦新闻相比较，人民大学的新闻侧重于理论，中国传媒大学侧重于广电系统，另外中山大学、清华大学的新闻近些年发展也很迅猛。
3、临床医学。复旦大学的临床医学学科在国内属于顶尖水平，前身为上海医科大学临床医专业，在第四轮教育部学科评估中，评估结果是A，仅次于上海交通大学和浙江大学。临床医学学科中，内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、妇产科学等9个学科都是国家重点学科。附属医院众多，并且实力强劲，如中山医院、华山医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、眼耳鼻喉科医院。
4、经济学。复旦大学经济学科创办1于1917年，1952年全国院系大调整中，由复旦大学、南京大学、金陵大学、圣约翰大学、安徽大学、震旦大学、上海学院、大夏大学、英士大学等9校经济学系合并组成新经济学系，从此复旦经济学科步入全国顶尖行列。在复旦经济学科的发展过程中，涌现了很多知名经济学家，如蒋学模、张薰华、伍柏麟、姜波克、袁志刚、华民、张军等，为我国经济的发展做出了卓越的贡献。
复旦大学现有复旦学院、中国语言文学系、哲学学院、历史学系、文物与博物馆学系、外国语言文学学院、法学院、国际关系与公共事务学院、新闻学院、经济学院、管理学院、社会发展与公共政策学院、 复旦大学新校区数学科学学院、物理学系、技术物理系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、信息科学与工程学院、软件学院、光源与照明工程系、材料科学系、力学与工程科学系、生命科学学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、国际文化交流学院、计算机科学技术学院、艺术设计系等29个直属院系，设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点24个，博士学位授权学科、专业点153个（其中自设29个，专业学位1个），硕士学位授权学科、专业点225个（其中自设50个，专业学位8个），并设有25个博士后科研流动站。 学校学科门类齐全，现有哲学、理论经济学、中国语言文学、新闻传播学、数学、物理学、化学、生物学、电子科学与技术、基础医学、中西医结合等一级学科国家重点学科；金融学、产业经济学、政治学理论、国际关系、中国近现代史、历史地理学、计算机软件与理论、内科学（心血管、传染病、肾病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、流行病与卫生统计学、药剂学、社会医学与卫生事业管理等二级学科国家重点学科。 学校现有中国语言文学研究所、中国社会主义市场经济研究中心、美国研究中心、历史地理研究所、人口研究所、世界经济研究所、金融研究院、数学研究所、现代物理研究所、遗传学研究所、上海市心血管病研究所、上海市放射医学研究所、肝癌研究所等306个各类研究机构，有先进光子学材料与器件、专用集成电路与系统、应用表面物理、遗传工程、医学神经生物学等5个国家重点实验室，省、部级研究机构39个。
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