学校的校园总面积也严重不足，从国内外大学的经验和兄弟高校情况看，像东南这样规模的高校，主校区的面积一般需要3000-5000亩。
基于上述原因，学校在2002年底做出了学校建设重点南移的战略决策，决定在江宁经济技术开发区征地3700亩建设主校区（称为九龙湖校区）。新校区位于开发区南部的九龙湖畔，机场高速路以东，宁溧路以西，南京市二环路以北，地势开阔、交通便利、环境优美，距四牌楼校区约20公里。江宁是南京市未来发展的主要区域，九龙湖校区所处的江宁经济技术开发区位于南京市区与禄口机场之间。区内路网纵横、山清水秀、基础设施完备、区位优势明显，目前是南京三个开发区中引进资金最多、成长最快、发展势头最好的开发区。现已有河海大学、南京航空航天大学新校区，南汽菲亚特、熊猫爱立信等国内知名的大学和企业在区内落户；正在开工建设的IT工业园、外贸工业园、台湾机电工业园、纺织工业园等产业园区也吸引了众多的客商入驻；这些都为学校今后充分发挥以工为特色、多学科综合的优势，与企业和社会形成良性互动，更好地为经济建设和社会发展服务，提供了极为有利的外部环境。
九龙湖校区的建设不仅为加快新一轮学校建设发展、实现学校奋斗目标奠定了最基本最重要的物质条件，同时也为解决困扰我校多年的“一校多区”问题提供了重要契机。
随着九龙湖校区即将开工建设，我校新的百年建设和事业发展已拉开序幕。九龙湖校区的建设将极大地拓展我校未来的发展空间，改变各校区的功能布局，学校的建设重点和管理重心也将发生很大变化。这是学校发展战略的一次重大调整，必将对未来产生极其深远的影响。
功能定位
九龙湖校区将会建设为东南大学主校区。是学校21世纪发展建设的主要区域，东大新百年形象的标志，展示学校形象和对外开放合作的窗口；学校行政管理中枢，本科生和研究生教育基地、留学生培养基地、科学技术研究基地。
调整的基本设想
九龙湖校区建设是我校本世纪头十年建设和发展的重中之重，是实现新的百年辉煌的奠基之举，是布局调整的关键环节。新区建设规模大、投资力度强、质量要求高、建设周期长，校区布局和功能定位调整必须从这一实际出发，既要坚定不移地围绕学校总体目标积极推进，又要考虑各方面的实际情况，统筹兼顾、分步实施、实事求是、量力而行。
一期调整安排
时间安排为2003-2005年，2005年8月一期工程建成，入驻九龙湖校区的单位和部门为：
学校党政机关的大部和部分院系机关的主体搬到九龙湖主校区；
学校直属单位和教学、实验等教学辅助部门、后勤服务部门根据需要将主体大部搬入九龙湖主校区；
除建筑系、医学院等少部分院系外，绝大部分一至三年级本科生教育全部搬到九龙湖校区；
部分院系的四年级本科生与研究生搬至九龙湖校区；
为本科教育服务的基础实验室、专业基础实验室，部分为高层次人才培养和科研服务的专业实验室搬迁至九龙湖校区。
三期调整安排
时间安排为2005-2015年，二、三期工程建成，基本完成校区归并和功能调整：
全部的全日制本科教育集中在九龙湖校区，其他校区不再承担本科教育功能；
除少数专业学位等特殊情况，研究生教育基本上在九龙湖校区完成；
大部分科研实验室和研究基地入驻九龙湖校区。
学生规模
九龙湖校区一期学生规模为本科生12000左右；研究生3400人，其中博士生900人。
二、三期完成后学生总规模在3.2万人左右，其中本科生2万人，研究生1.2万人。
本科生在大一至大三年级在九龙湖校区，男生宿舍区位于桃园六舍，女生宿舍位于桃园二舍，在东大的位置来讲是位于东北方向，而且九龙湖校区有一个土木与交通学院共同的办公地点（很多实验室在里面）在校医院附近，也是在校园北边……研究生在四牌楼校区，大四交院要搬到四牌楼校区。
设计者齐康老师已经到图书馆工地5次，其中5月2日到5月4日的三天里就到现场两次，而这两次仅仅是为了确定屋顶装饰的做法和颜色；他还多次表示，九龙湖校区图书馆的施工工程中，他要到现场20次！这就是建筑大师的对其建筑设计作品的负责精神，这就是科学院院士的工作作风，这就是东南大学教授的治学态度、这就是东南大学老教师对九龙湖新校区建设的关切情怀！
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