1、数学。数学一直是复旦大学的王牌专业，数学与应用数学在全国具有领先地位，苏步青、谷超豪等著名数学家都出自复旦数学系，全国来说，复旦数学仅次于北京大学。数学是复旦最火的专业之一，每年转专业竞争最激烈的就是转进数学系，大多数人都宁愿为了转专业多读一年本科。
2、新闻传播学。复旦新闻是复旦大学的另外一张王牌，历史悠久，创建于1929年。在南方，如果说经管方面的对手是上海交大，那么新闻方面，复旦是没有对手的，在上海新闻界人脉处于垄断地位。复旦新闻侧重于专业素质的培养，让做财经新闻的人懂经济，让做广电技术的人懂技术。与复旦新闻相比较，人民大学的新闻侧重于理论，中国传媒大学侧重于广电系统，另外中山大学、清华大学的新闻近些年发展也很迅猛。
3、临床医学。复旦大学的临床医学学科在国内属于顶尖水平，前身为上海医科大学临床医专业，在第四轮教育部学科评估中，评估结果是A，仅次于上海交通大学和浙江大学。临床医学学科中，内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、妇产科学等9个学科都是国家重点学科。附属医院众多，并且实力强劲，如中山医院、华山医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、眼耳鼻喉科医院。
4、经济学。复旦大学经济学科创办1于1917年，1952年全国院系大调整中，由复旦大学、南京大学、金陵大学、圣约翰大学、安徽大学、震旦大学、上海学院、大夏大学、英士大学等9校经济学系合并组成新经济学系，从此复旦经济学科步入全国顶尖行列。在复旦经济学科的发展过程中，涌现了很多知名经济学家，如蒋学模、张薰华、伍柏麟、姜波克、袁志刚、华民、张军等，为我国经济的发展做出了卓越的贡献。
历史地理研究创新基地将依托传统优势，充分整合现有资源，达成以下主要建设目标：成为国内第一、国际知名的历史地理学研究中心；建成历史地理学的学科体系、理论、规范和相应的标准；形成创新的体制结构、管理制度和运行机制；以各分支的学科带头人为核心，形成一支结构合理、层次稳定、门类齐全的高水平专业研究队伍，为国内外相关机构培养造就一批高水平的专业研究人员；建成以“中国历史地理信息系统”为主的历史地理数字信息库和历史地理资料信息中心。
2000年7月，教育部批准复旦大学等20所高校为现代远程教育试点的院校，同年，复旦大学网络教育学院成立。在教育部精神的指导下，学院开展学历教育和非学历教育。十一年来，我院始终坚守复旦大学的品牌，始终把参与实施现代远程教育看作是承担国家战略和国家使命。在学校党政领导下，我院进一步确立了网络教育的办学理念：充分发挥和利用复旦大学的资源和优势，坚守品牌、学生为本、质量为先。 学历教育方面，我院依托复旦大学的学科资源和教学资源，因材施教，以网络教育的特点和优势与社会急需人才的要求相结合，先后开设了18个专业，注重对学生的能力培养，在教学内容上强调理论与实际相结合，强调应用性、可操作性；在教学方法重在培养学生分析问题和解决问题的能力，注重案例教学、互动式教学和讨论课教学；在考核方式上，注重以作业练习、案例分析、论文报告、调查报告等形式的形成性考核，重在学生的理解力、判断力和决策力的锻炼与养成。
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