南京医科大学是一所医药类普通本科院校，拥有共5个最好专业（特色专业）。
南京医科大学预防医学、临床医学、口腔医学、康复治疗学、护理学等专业可以说是南京医科大学最好最有特色的专业了，这些专业为同类型高校相关专业和本校的专业建设与改革起到示范带动作用。
学科建设
根据2015年1月学校官网显示，学校有一级学科博士学位授权点8个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学、人文医学）、二级学科博士学位授权点50个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点73个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、3个江苏省一级学科重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。4个学科进入“基本科学指标”数据库（Essential ScienceIndicators，简称ESI）全球前1%。
国家重点学科
内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学
国家重点（培育）学科
病理学与病理生理学
江苏省一级学科重点学科
基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学
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