信息学院组建于2000年5月，其前身是1982年重建的电子工程系、1954年设立的光学学科和1975年建立的计算机科学系。学院原下设六系二院，2008年5月，根据学校学科建设发展需要，学院调整为四系一院，下设电子工程系、光科学与工程系、通信科学与工程系、微电子学系以及依托学院的微电子研究院。2008年12月22日，根据学校决定，复旦大学光源与照明工程系（简称电光源系）归入信息学院。
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