吴玉章学院的学生是在当年入学的非医学类新生中严格遴选录取的（录取比例约占每年新生总数的1.5%）。学院对学生实行“滚动淘汰制”管理。学院重视创新人才培养，不拘泥于科系的限制，坚信创新的动力来源于丰富的交叉课程学习。学生进入吴玉章学院后，一、二年级进行大类通识教育，主要修读校级模块课程、院级素质教育模块课程和学科基础模块课程，大部分的课程采用双语教学，学生从大一（下）期开始进行研究能力培养，参与导师研究课题。
三、四年级实行宽口径的专业教育。每位学生配备一名高水平教师担任导师。在导师指导下，学生可根据自己的兴趣特长和意愿自主确认主修专业，制定个人修读计划，修读专业模块课程、专业拓展模块课程和实践教育模块课程。学习期间，学生将获得更多机会参与导师一流的科研课题，在研究实践中进一步夯实专业知识。
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