复旦大学附属儿科医院与上海儿童医院各有所长。
复旦大学附属儿科医院
复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫生计生委三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，是全国儿科学重点学科、国家“211”工程和“985”工程建设单位，是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。目前是中华医学会儿科分会前任主任委员单位；上海医学会儿科学会主任委员、上海医学会小儿外科学会主任委员单位。是《中华儿科杂志》主编单位。是国家和上海市儿科专科医师及住院医师规范化培训基地；上海市儿科临床质控中心依托单位。连续7次蝉联上海市文明单位。2014年，医院荣获
“上海市五一劳动奖状”。
上海市儿童医院
上海市儿童医院、上海交通大学医学院附属儿童医院的前身是“难童医院”，由中国著名儿科专家富文寿、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈创建于1937年。院名、院址历经变迁，于1954年与上海市儿童保健院合并更名为上海市儿童医院，2003年3月又正式成为上海交通大学附属儿童医院。拥有一批重点学科，是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院；是上海市文明单位。
医院占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，核定床位300张，职工780余人，年门诊量逾100万人次，住院病人逾1.5万人次。位于普陀区长风生态商务区的新院将于2010年动工，占地面积约39亩，核定床位550张。
复旦大学生物医学研究院位于江湾校区，坐落于上海市杨浦区国权路220号附1号，毗邻复旦大学江湾校区。作为中国一流的生命医学科研机构之一，该研究院致力于开展前沿的分子生物学、遗传学、细胞生物学、免疫学、基因组学、蛋白组学等研究，为发展中国生物医学领域做出了重要的贡献。
复旦大学的基础医学院和生命科学学院都很好，关键看你以后想干什么。
基础医学院主要侧重于医学方面的，生命科学学院主要侧重于基础学科研究。他们的专业看似有重叠，其实区别还是很大的。
比如同样研究发育生物学，基础医学院重点关注的就是与疾病、治疗有关的内容，侧重于研究结论推广到医学实践中。生命科学学院就不是这样，可能会包括植物、昆虫等等，研究结论也不一定都是要用在人身上。
再比如都研究昆虫学，基础医学院的昆虫学重点研究的是和疾病有关的病媒生物，生命科学学院就不局限于此。
再比如都研究病毒，基础医学院只会关注对人体致病或者可能致病的那些病毒。至于烟草、小麦上的那些植物病毒，一般不会研究的。
还有就是比如研究细菌真菌，基础医学院也是从与人体健康的角度来研究。生命科学学院可能就会研究这些细菌真菌在食品工业等方面的应用。
总之，基础医学院研究的面比较窄，是为医学服务的。看你自己的选择了。
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